Mikroflora obecna w układzie pokarmowym człowieka powoduje fermentację preiobtyków. W procesie tym powstają kwasy tłuszczowe o krótkich łańcuchach. Możemy wśród nich wyróżnić – kwas masłowy, który jest wykorzystywany przez kolonocyty, kwas propionowy oraz octowy. Oprócz kwasów tłuszczowych, powstają także: diacetyl (niskocząsteczkowy produkt przemiany materii), bakteriocyny oraz pochodne tlenu. W dostępnych w aptekach preparatach, występuje wiele prebiotyków (zazwyczaj w połączeniu z probiotykami). Do najważniejszych należy zaliczyć inulinę, fruktooligosacharydy (FOS), mannanooligosacharyd (MOS) czy laktulozę. Źródłem probiotyków są także warzywa, np. szparagi czy cebula, czosnek, cykoria, pory, a także w owocach (głównie w bananach). Oprócz swojej roli pomocniczej, prebiotyki wpływają także na obniżenie poziomu tzw. złego cholesterolu, biorą udział w zwalczaniu choroby wrzodowej. Ważną funkcją jest także unieszkodliwianie toksyn produkowanych przez obecne w przewodzie pokarmowym człowieka bakterie gnilne.
